出帝元修，字孝则，是广平武穆王元怀的第三个儿子，母亲是李氏。他性格沉稳宽厚，少言寡语，喜好武事。最初被封为汝阳县开国公，担任通直散骑侍郎，后来转任中书侍郎。建义初年，被任命为散骑常侍，不久升任平东将军、兼太常卿，又担任镇东将军、宗正卿。永安三年，被封为平阳王。普泰初年，转任侍中、镇东将军、仪同三司、兼尚书右仆射，后来又加授侍中、尚书左仆射。
中兴二年夏四月，安定王元朗自认为与皇室血缘疏远，不能满足天下人的期望，便请求让出皇位。齐献武王与百官商议，大家都认为高祖（孝文帝元宏）不能没有后代继承皇位，于是共同尊奉元修。戊子日，元修在东郭之外登上皇位，从东阳门、云龙门进入皇宫，登上太极前殿，群臣朝拜祝贺。仪式结束后，登上阊阖门，下诏说：“时运好坏交替，朝代兴衰更迭，上天无所隐瞒，神灵也无法预知。大魏承继天命，德行逐渐遍布天下，囊括九州，照耀日月星辰。然而上天降下灾祸，国运多舛，礼乐崩坏，典章制度消失。曾经辉煌的周朝，被戎寇所灭；庄严的宗庙，即将沦为荒草丛生之地。胡羯趁机作乱，肆意施行昏庸暴虐的统治，杀害君主，屠戮天下百姓。他们贪婪地吞噬一切，永不知足。自从有文字记载以来，从未有过如此惨痛的情况！大丞相勃海王（高欢）忠诚于本朝，精神可贯白日，于是举起义旗，立志洗雪国耻。所以广阿之战，敌军威风扫地；邺城之战，敌军坚固的防线失去作用。近来四路胡人联合，人数众多，驱使天下的军队，集合了华夏和戎族的精锐。双方刚一交战，敌军就迅速被荡平，元凶被斩首，首恶被擒获。起义军挥师渡过黄河，扫清了伊水、洛水一带的敌人，百姓安居乐业，国家旧有的制度得以恢复。社稷转危为安，宏大的基业得以重建。我凭借皇室后裔的身份，承蒙众人推举，恭敬地执掌国家大权，继承这份大业。以渺小之身，位居王公之上，如临深渊，不知如何前行。我希望能与百姓一同享受这份喜庆，现在大赦天下。将中兴二年改为太昌元年。”下诏让前御史中尉樊子鹄恢复原职，兼任尚书左仆射、东南道大行台，与都督仪同三司、徐州刺史杜德一起讨伐元树。齐献武王上奏说，建义年间被尔朱氏无端抄没家产的人家，全部予以赦免。元修因为时局变化，再次任命齐献武王为大丞相、天柱大将军、太师，世袭定州刺史，增加封邑九万户，加上之前的一共十五万户。庚寅日，加授齐文襄王侍中、开府仪同三司，其他官职照旧。壬辰日，齐献武王返回邺城，元修在乾脯山为他饯行。
五月丙申日，前废帝广陵王元恭去世。任命太傅、淮阳王元欣为太师，封沛郡王；任命司徒公、赵郡王元谌为太保；任命侍中、骠骑大将军、开府仪同三司、清河王元亶为仪同三司；任命使持节、侍中、骠骑大将军、开府仪同三司、司州牧、南阳王元宝炬为太尉公；任命侍中、太保、录尚书事长孙稚为太傅；任命侍中、骠骑大将军、尚书左仆射元罗为仪同三司、尚书令；任命骠骑大将军、吏部尚书元世俊为仪同三司。戊戌日，因为齐献武王坚决推辞，允许他解除天柱大将军的职务，减少封邑五万户，其他都照旧。辛丑日，任命前司空高乾邕再次担任司空公。乙巳日，元修前往华林都亭，宴请群臣，按等级赏赐。羽林队主唐猛突然闯入表示庆贺，元修认为唐猛违反禁卫规定，对他施以杖刑。唐猛言辞神色有所冒犯，被当场斩于阶下。丁未日，下诏说：“不要欺侮孤苦伶仃的人，这在以前的经典中就有记载；要关爱鳏夫寡妇，这在以往的史册中也有传颂。我德行浅薄，作为百姓的父母，顾念百姓，常常感慨叹息。如今国运更新，抚恤百姓刚刚开始，如果有孤老、疾病、无依无靠的人，有关部门要详细查明，按照规定予以赈济赡养。”又下诏说：“治理国家要有统一的准则，百姓才不会有非分之想；如果法令有两种标准，官吏就会滥用权力。前任君主制定法律，后任君主制定政令，历经长久的时间，反而更加繁杂。这不是规范百姓、防范各种问题的好办法。可以让四品以上的执事官员，集中到都省，选取各种条例规章，议定统一的标准。那些不可施行的，相关部门停止记录。新制定的规章，不要与旧制度相混淆。务必做到简约通顺，不要导致繁琐拖沓。”己酉日，任命侍中、骠骑大将军、仪同三司、清河王元亶为司徒公。庚戌日，下诏说：“近来西部连年饥荒，百姓流离失所，有的人身处沟渠之畔，有的人命丧道路之上，都被抛弃在荒野，成为乌鸦老鹰的食物。想到这些，我夜不能寐。掩埋尸体的礼仪，实在是应该施行；加以覆盖的道义，希望也能够尽力做到。凡是有暴露在外的尸体，命令所在地方予以掩埋。可向天下宣告此事。”乙卯日，下诏解除朝廷内外的戒严。
六月癸亥初一，元修在华林园受理诉讼。丙寅日，蠕蠕、嚈哒、高丽、契丹、库莫奚国一同派遣使者前来朝贡。丁卯日，太尉公、司州牧、南阳王元宝炬因事获罪，被降为骠骑大将军、开府仪同三司，王爵照旧，回到府第，命令羽林军守卫。将武怀皇帝的谥号改为孝庄。癸酉日，蠕蠕、嚈哒国派遣使者朝贡。戊寅日，下诏朝廷内外百官一律晋升六级。在京百官在中兴年间已晋升的基础上再加四级，起义军将士一律加军级六级，在邺城的百官晋升三级，河北响应起义的州晋升两级，在河桥参与起义的加五级，关西地区晋升两级。所有在建明、普泰年间所受的封爵、晋升的品级、特殊的优待，全部追回。己卯日，元修到显阳殿受理诉讼。乙酉日，高丽、契丹、库莫奚国派遣使者朝贡。丙戌日，让前骠骑大将军、开府仪同三司斛斯椿恢复原来的官职。下诏说：“近来，奸臣专权，肆意妄为，法令改变常规；竟然设立对少数民族的轻税，妄图收买天下人心；随后又横征暴敛，最终征收十倍的赋税。这种掩耳盗铃的行为，实在是荒谬至极！我挂念百姓，寝食难安。加之农事刚刚开始，百姓的生计尚未富足，如果立即按照常规征税，恐怕难以周全。今年的租调，暂且征收一半，免除一半，来年恢复旧制。”辛卯日，任命使持节、卫大将军、仪同三司、尚书左仆射贾显度为骠骑大将军、开府仪同三司。
秋七月乙未日，下诏说：“从前永安年间，皇储诞生，于是普遍赐予官阶，以庆祝国家喜事。但后来经过普泰年间，这些官阶便被中途追回。如今罪人已经被消灭，旧有的规章得以恢复。应该遵循以往的旨意，完成之前的恩赐。皇子所晋升的两级，都可以重新授予。文穆庙所赐予的官阶，原本就应该停止，如果已经接受的，按照规定追回。”庚子日，任命骠骑大将军、开府仪同三司、南阳王元宝炬为太尉公。壬寅日，齐献武王率领众人从滏口进入，大都督厍狄干从井陉进入，讨伐尔朱兆。乙巳日，齐献武王将尔朱天光、尔朱度律押送到京师，在都市斩首。己酉日，任命兼尚书左仆射、东南道大行台樊子鹄为仪同三司。庚戌日，下诏任命侍中、骠骑将军、左光禄大夫高隆之为使持节、骠骑大将军、仪同三司、兼尚书左仆射、北道行台，率领十万步骑兵奔赴太行，与齐献武王会合。高隆之解除行台之职后，仍然担任大丞相军司。齐献武王驻扎在武乡。尔朱兆大肆掠夺晋阳后，向北逃往秀容。并州得以平定。乙卯日，元修到显阳殿，亲自审理冤案。丙辰日，任命宗师、东莱王元贵平为车骑大将军、仪同三司。这个月，夏州迁徙的百姓郭迁占据宥州造反，刺史元嶷弃城逃走。下诏让行台侯景率领齐州刺史尉景、济州刺史蔡俊等人前去攻讨。城池被攻陷后，郭迁逃奔萧衍。东南道大行台樊子鹄在谯城大破萧衍的军队，擒获他的邺王元树以及谯州刺史朱文开。
八月壬戌初一，齐文襄王前来朝见，元修与他宴饮射箭，按等级赏赐他的部下。丁卯日，任命西中郎将元宁为高平王。甲戌日，任命车骑大将军、左光禄大夫李琰之为仪同三司。庚寅日，任命车骑将军、左光禄大夫崔秉为骠骑大将军、仪同三司。辛卯日，任命车骑将军、右光禄大夫高岳为骠骑大将军、仪同三司。九月癸未日，任命侍中、骠骑大将军、左光禄大夫封津为仪同三司。庚子日，元修前往华林都亭，接见元树以及公卿百官、蕃国使者、都督将领等，宴饮射箭，按等级赏赐。癸卯日，燕郡开国公贺拔允进爵为王。乙巳日，元修前往都水，向南经过洛汭，于是到达瀍涧。己酉日，在北原打猎。癸丑日，任命太师、沛王元欣为广陵王，将前废帝的儿子勃海王元子恕改封沛郡王。甲寅日，任命侍中、骠骑大将军封隆之、任祥都为仪同三司。任命车骑大将军、河南尹元仲景为骠骑大将军、仪同三司。乙卯日，元修拜谒先帝陵墓。丙辰日，蠕蠕、高昌国派遣使者朝贡。庚申日，任命卫将军、前吏部尚书李神隽，抚军将军、右卫将军娄昭都为骠骑大将军、仪同三司。
太昌元年冬十月甲子日，朝廷任命使持节、卫将军、光州刺史高仲密为车骑大将军、仪同三司。丁卯日，任命车骑大将军、左光禄大夫潘蛮为仪同三司。己卯日，任命车骑大将军、左光禄大夫高琛为特进、骠骑将军、开府仪同三司。庚寅日，任命使持节、骠骑将军、肆州刺史刘贵为骠骑大将军、仪同三司。十一月甲午日，任命车骑将军、扬州刺史斛斯敦为骠骑大将军、仪同三司。丁酉日，冬至，皇帝到圆丘举行祭祀仪式。戊戌日，在太极前殿会见百官。甲辰日，安定王元朗和东海王元晔因事获罪被赐死。乙巳日，蠕蠕国派遣使者前来朝贡。己酉日，任命前太尉公、汝南王元悦为侍中、大司马、开府仪同三司。同时，安葬灵太后胡氏。十二月丙寅日，任命骠骑大将军、领御史中尉綦隽为仪同三司。乙亥日，任命侍中、广平王元赞为骠骑大将军、开府仪同三司。丁亥日，皇帝下令杀死大司马、汝南王元悦，并大赦天下，将太昌年号改为永兴，作为太宗的庙号，不久又改为永熙元年。
永熙二年春正月庚寅初一，皇帝在太极前殿举行宴会，款待群臣。甲午日，齐献武王高欢从晋阳出兵讨伐尔朱兆。丁酉日，在赤洪岭大破尔朱兆的军队，尔朱兆败逃后自杀。己亥日，皇帝前往崧高石窟灵岩寺。庚子日，再次前往，分别给予不同的施舍。庚戌日，仪同三司李琰之去世。丁巳日，皇帝追尊父亲为武穆帝，皇太妃冯氏为武穆后，生母李氏为皇太妃。任命骠骑将军、前沧州刺史高聿为骠骑大将军、仪同三司。萧衍的劳州刺史曹凤、东荆州刺史雷能胜等人献出城池，归降北魏。
二月庚申日，任命使持节、镇东将军、行汾州事张琼为骠骑大将军、仪同三司。辛酉日，任命司空公高乾邕为使持节、骠骑大将军、开府仪同三司，咸阳王元坦为司空公。三月己丑初一，给骠骑大将军、沧州刺史贾显智加授开府仪同三司。辛卯日，皇帝下诏，因为之前普遍解除了各道行台的职务，如今阿至罗考虑归降，所以再次任命齐献武王高欢为大行台，可根据实际情况自行处置事务。甲午日，任命车骑将军、蔚州刺史窦泰为使持节、车骑大将军、开府仪同三司、相州刺史。使持节、骠骑大将军、开府仪同三司、徐州刺史高乾邕因事获罪被赐死。太师、鲁郡王元肃去世。戊申日，任命使持节、都督河渭部三州诸军事、骠骑大将军、世袭河州刺史梁景睿为仪同三司。丁巳日，任命侍中、太保、司州牧、赵郡王元谌为太尉公，加赐羽葆、鼓吹；任命侍中、太尉公、南阳王元宝炬为太尉、开府仪同三司、尚书令。
夏四月戊辰日，皇帝下诏，规定从三府以下到外州的所有参佐官员，都不得再兼任常侍以及同时担任两个职务，即使已经授予的也要全部追回。这个月，青州人耿翔袭击并占据胶州，杀死刺史裴粲，并与萧衍勾结。五月庚寅日，皇帝下诏，所有冤屈未申的案件，如果已经超过一年，都集中到华林园，皇帝将亲自审理；如果案件已经过去多年，有关部门却没有上报的，允许当事人自行陈诉；如果案件涉及州郡，拖延多年的，也由尚书汇总后上报。壬寅日，使持节、骠骑大将军、仪同三司、齐州刺史侯渊再次被任命为开府仪同三司。乙巳日，皇帝下诏说：“大夫这一职位，地位高贵显要；员外官职，也并非低贱。然而现在却下至小吏，兼任多个职务，高低混杂，有损典章制度。从今以后，京官中愿意担任与自身才能相称的小职的，直接加授散号将军；愿意辞去卑职的，可以担任大夫或员外之职，不应再像以前那样兼任实职。其中由皇帝特别加授的，不在此列。”东徐州城百姓王早、简实等人杀死刺史崔庠，占据州城，投降萧衍。六月壬申日，任命骠骑大将军、开府仪同三司、尚书右仆射樊子鹄为青胶大使，督率济州刺史、大都督察俊讨伐耿翔。丁丑日，任命骠骑大将军、前行南兖州事念贤为仪同三司。
秋七月辛卯日，任命使持节、镇北将军、大都督、秦州刺史万俟普拨为骠骑大将军、仪同三司。壬辰日，任命太师、司州牧、广陵王元欣为大司马、侍中，任命太尉公、赵郡王元谌为太师，都开府仪同三司。庚戌日，任命前司徒公、燕郡王贺拔允为太尉公。八月乙丑日，齐文襄王高澄前来朝见，皇帝在华林都亭设宴款待，按等级赏赐他的部下。任命骠骑大将军、前南岐州刺史司马子如为仪同三司。戊辰日，皇帝在河梁为齐文襄王饯行，然后渡过黄河返回。癸酉日，齐献武王高欢上表坚决推辞王爵，皇帝没有批准；高欢又请求分出食邑十万户，降低品级，转授给有功勋和情义的人，皇帝同意了他的请求。九月壬子日，任命散骑常侍、车骑大将军、左光禄大夫崔孝芬为仪同三司。
冬十月癸未日，任命卫将军、瓜州刺史、泰临县开国伯、高昌王麹子坚为仪同三司，晋爵为郡王。十一月癸巳日，持节、征北将军、殷州刺史邸珍担任徐州大都督、东道行台仆射，率领军队讨伐东徐州。十二月丁巳日，皇帝到嵩阳打猎。己巳日，前往温泉。丁丑日，皇帝回到宫中。
永熙三年春正月壬辰日，齐献武王高欢在河西苦泄河讨伐费也头部落，大破敌军，擒获其首领纥豆陵伊利，并将该部落迁徙到内地。
二月，东梁州受到夷民的侵扰，皇帝下诏任命使持节、车骑大将军、行东雍州事泉企为东梁州行台、都督，前去讨伐。己未日，萧衍的假节、豫州刺史、南昌王毛香献出城池归降，朝廷授予他持节、安南将军、信州刺史、义昌王的官职。壬戌日，大赦天下。丙子日，皇帝亲自举行释奠礼，祭祀先师。辛巳日，皇帝前往洪池陂，接着进行游猎。壬午日，任命卫将军、前徐州刺史元祐为卫大将军、仪同三司，任命骠骑将军、左卫将军元斌之为颍川王。三月壬寅日，任命前侍中、车骑大将军李彧为骠骑大将军、仪同三司。
夏四月戊午日，契丹国派遣使者前来朝贡。辛未日，高平王元宁因事获罪，降爵为公爵。丙子日，高丽国派遣使者前来朝贡。五月丙戌日，朝廷增设勋府庶子，每厢六百人；又增设骑官，每厢二百人，按照等级授予官职，骑官的品级与直斋相当。辛卯日，皇帝下诏说：“大魏顺应天命，占据天下中心。考察历史的发展趋势，我们处于关键位置。从北到南，东征西讨，百姓渴望我们的拯救，无不臣服。然而，江南的吴国凭借天险，长期以来被置于度外。世祖太武皇帝，英明神武，如金镜照耀，如玉鼓铿锵，他的神威笼罩四方，威风所到之处，敌人无不土崩瓦解。长江以北，都成为了魏土。近来，国家命运坎坷，纲纪混乱，奸佞小人趁机谋取权力，窥视国家，边境被侵犯，州郡沦陷。我对东方之事十分关注，寝食难安。如果不整顿军队，如何恢复文武旧业，拯救百姓于水火之中？我将亲自统率六军，直抵彭、汴之地。希望能一劳永逸，确保国家的长治久安。朝廷内外的百官，要做好充分准备。出征的日期，听候后续命令。”当时，皇帝受到斛斯椿、元毗、王思政、魏光等人的谗言离间，对齐献武王高欢产生了二心，以讨伐萧衍为名，在酷暑时节征发河南各州的军队，天下人对此感到十分不满。这些事情在《斛斯椿传》中有详细记载。丙申日，任命使持节、侍中、大司马、开府仪同三司、司州牧、广陵王元欣为左军大都督，太傅、录尚书事长孙稚为中军四面大都督。丁酉日，皇帝前往华林都亭，召集京畿都督及三千多名军士，对他们进行慰问勉励。庚子日，皇帝再次前往华林都亭受理诉讼。壬寅日，又任命长孙稚为后军大都督。六月丁卯日，大都督源子恭镇守胡阳，汝阳王元暹守卫石济，仪同三司贾显智率领豫州刺史斛斯寿向东前往济州。庚午日，吐谷浑国派遣使者前来朝贡。丙子日，皇帝下诏说：“近年来，国家命运多舛，战争不断，生灵涂炭。许多人或为了气节感恩，奋不顾身；或在战场上面对敌人，视死如归。他们身首异处，骸骨无人收敛。功勋未被记录，荣誉未被赐予。我日夜思念他们，深感悲痛。可以通告朝廷内外，各地上报相关情况。如果没有亲人，允许故友代为陈述。尚书进行核实，根据情况给予追赠。希望能稍微安慰冤魂，表达我的同情。”庚辰日，任命使持节、车骑大将军、中军大都督斛律沙门为开府仪同三司。
秋七月辛巳初一，任命镇东将军、前大鸿胪卿、太原王元昶为车骑大将军、仪同三司。己丑日，皇帝亲自统率十多万大军，驻扎在河桥。任命斛斯椿为前军大都督，不久又下诏让斛斯椿镇守虎牢。同时，下诏让荆州刺史贺拔胜前往行营。贺拔胜率领所部驻扎在汝水。庚子日，任命使持节、征西将军、岐州刺史越肱为仪同三司。丁未日，皇帝受到斛斯椿等人的胁迫，前往长安。己酉日，齐献武王高欢进入洛阳，贺拔胜逃回荆州。
八月甲寅日，朝廷推举司徒公、清河王元亶为大司马，秉承皇帝旨意处理国家事务，在尚书省办公。辛酉日，齐献武王高欢向西迎接皇帝。戊辰日，皇帝下制书说：“黑暗过去是光明的开始，混乱是治理的基础，这既符合天道，也符合人事。所以，周朝国运中衰时，有践土勤王的义举；汉朝即将倾覆时，有北军左袒的行动。这些都能使国家延续多年，传承后世。永熙末年，权臣佞臣专擅朝政，重用小人，残害勋贤。官职因贿赂而贵贱，司法因钱财而决定生死。国家宗庙摇摇欲坠，百姓生命如草芥般被抛弃。大丞相高欢，地位如同晋国的重耳、郑国的子产，责任如同齐桓公、晋文公，他在汾川起兵，向伊洛问罪。群奸畏惧他的威严，胁迫皇帝，以保护自己，逃到秦地。虽然皇帝流离失所，尚未返回，但权臣佞臣即将被铲除，天下人都在翘首以盼。魏国虽然是旧邦，但教化需要更新，我希望与百姓一起，开启新的时代。现在大赦天下。”行台侯景讨伐荆州，贺拔胜战败，逃奔萧衍。
九月癸巳日，任命卫大将军、河南尹元子思为使持节、行台仆射，使持节、骠骑大将军、开府仪同三司、领军将军娄昭为西道大都督，率领左右侍官向西迎接皇帝。己酉日，斛斯椿的党羽毛鸿宾镇守潼关，被齐献武王高欢击败并擒获。当天，齐献武王高欢向东返回洛阳。这个月，东清河人傅皛杀死太守韩子捷，占据郡城造反。后来遇到大赦，才投降。
冬十月戊辰日，使持节、骠骑大将军、开府仪同三司、行青州事侯渊攻克东阳，斩杀刺史东莱王元贵平，将首级传送到京师。
闰十二月癸巳日，皇帝被宇文黑獭（宇文泰）杀害，年仅二十五岁。
史臣评论说：广陵王元恭先被废黜，中兴王元朗后被废黜，平阳王元修生性猜疑，最终自绝于宗庙。普泰年间（元恭在位时），崇尚正道的情况较多，而永熙年间（元修在位时），违背道德的行为更为严重。他们最终都走向灭亡，大概是被天下人所抛弃的缘故吧！