永初元年（420年）夏六月丁卯日，刘裕在南郊设置祭坛，登上帝位，举行柴燎祭天仪式，祭告上天。策文说：
皇帝臣刘裕，冒昧地用黑色公牛，明白地祭告天地神灵。晋恭帝认为晋朝历数已尽，天命有了新的归属，恭敬地顺应大运，将帝位授予我刘裕。设立君主统治天下，应天下为公，只有道德完备的人才能成为帝王，众人也乐于推举这样的人。从远古的唐尧、虞舜时代，到后来的汉朝、魏朝，无不是凭借圣明的德行感通祖先，凭借卓越的功勋登上皇位，所以才能大力拯救百姓，留下无穷的训诫。晋朝自从东迁以来，国家纲纪不振，长期缺乏得力的宰辅。隆安年间，国难加剧，元兴年间，灾祸酿成，最终导致皇帝流亡，宗庙祭祀断绝。我刘裕虽然没有齐、晋那样的根基，兵力不足一旅，但对上愤恨时局艰难，对下哀怜百姓疾苦，奋起指挥，便使晋朝的祭祀得以恢复。等到国家危急时能够扶持，颠覆时能够扶正，铲除奸邪之徒，消灭僭伪政权。诚然国家的兴衰有定数，厄运终有尽头。至于大力复兴晋室，拨乱反正拯救百姓，凭借时机到来，我确实承担了重大责任。加上异域之人仰慕道义，辗转翻译前来朝拜，凡是推行历法之处，都臣服于我朝的声威教化。甚至天地人显示征兆，山川呈现祥瑞，人神共同赐福，随着时间推移愈发显著。因此众多公卿士大夫，亿万百姓，都说皇天在上降下旨意，晋朝在下表示诚意，天命不能长久拖延，帝位不能一时空缺。于是我迫于众人的议论，恭敬地举行这禅让大礼。我以微薄的德行，位居万民之上，虽然敬畏上天威严，这只是小节，内心深处却深感忧虑，惶恐如同要坠落深渊。恭敬地选择良辰吉日，登坛接受禅让，祭告上天，以回应天下人的情意。使国运昌盛，使宋朝永享国祚。敬请神灵享用祭品。
礼仪结束后，刘裕乘坐皇帝车驾前往建康宫，亲临太极前殿。下诏说：“朝代更迭兴起，承接天命统治天下。虽然遭遇不同，变革的事情也有差异，但如果能功济天下，道德振奋百姓，朝代兴废的根本，不同时代都是一样的。我才疏德薄，正逢艰难国运，凭借厄运终结的时机，依靠士人民众的力量，得以拯救天下于水火，匡正世道、拨乱反正，安定国家、安抚百姓，功业不及古人一半，功劳却可与往昔的英烈相比。晋朝因为接连遭遇诸多祸难，历运已经转移，我恭敬地效法前代圣王，遵循美好的典制，于是上天将大命聚集于我一身。只因德行不足继承大统，推辞又未获允许，于是恭敬地顺应天地人，享有这盛大的国祚，在南郊举行柴燎祭天，在祖庙接受禅让。我有幸处于推举贤能的时期，恰逢众人乐于推举的大运，美好的国运刚刚开启，盛大的喜庆才刚开始，想要将美好的恩泽，惠及亿万百姓。现大赦天下。将晋朝元熙二年改为永初元年。赐百姓爵位二级。鳏寡孤独无法维持生计的人，每人赐谷五斛。拖欠的田租和旧债不再收缴。那些触犯乡论清议、贪污淫盗之人，一律赦免，给予重新做人的机会。长期服劳役的人，特地全部赦免遣返。失去官职和爵位、被禁锢剥夺功劳的人，一律依照旧例处理。”
封晋恭帝为零陵王，享有一郡的全部食邑。允许他使用天子旌旗，乘坐五时副车，沿用晋朝历法，祭祀天地，礼乐制度，都采用晋朝旧典。上书不用称表，回复表章不称诏。追尊亡父为孝穆皇帝，亡母为穆皇后，尊王太后为皇太后。下诏说：“没有大禹的功绩，后人会深感叹息，盛德之人必定受祭祀，其道义传承百世。晋朝的封爵，都随朝代更迭而改变，至于那些德行堪比管仲，功勋惠及苍生，人们心怀爱戴的人，其封爵仍应保留，即便朝代不同，情义不应泯灭断绝。封爵降等的事宜，一概依照前代典制。可将始兴公降封为始兴县公，庐陵公降封为柴桑县公，各食邑千户；始安公降封为荔浦县侯，长沙公降封为醴陵县侯，康乐公可直接封为县侯，各食邑五百户：以此来供奉晋朝已故丞相王导、太傅谢安、大将军温峤、大司马陶侃、车骑将军谢玄的祭祀。那些在义熙年间效力，共同历经艰难的人，一律保留原有官秩，不予降低。”封晋临川王司马宝为西丰县侯，食邑千户。
庚午日，刘裕任命司空刘道怜为太尉，封长沙王。追封司徒刘道规为临川王。尚书仆射徐羡之加任镇军将军，右卫将军谢晦为中领军，宋国领军檀道济为护军将军，中领军刘义欣为青州刺史。封南郡公刘义庆为临川王。又下诏说：“铭记功劳、记录辛劳，是国家的重要典制，慎重地对待死者、追念旧臣，是心中所推崇的。自从开创大业，已有十七年，世道艰难，战事连年，从东到西，没有安宁的日子。实在依赖将帅尽心竭力，文武官员全力以赴；安定国内、开拓境外，最终取得成功。威望声名远扬，贼寇叛逆被消灭，于是举行禅让大礼，有幸享有上天与百姓赐予的国祚。思念功劳、选拔辛劳之人，时刻不敢忘怀，凡是那些忠诚勤勉的人，都应共享国家喜庆。有关酬赏和免除赋税徭役的规定，要按时评定施行。对战死之人，要优厚地给予补偿追赠。”乙亥日，封桂阳公刘义真为庐陵王，彭城公刘义隆为宜都王，第四皇子刘义康为彭城王。
丁丑日，下诏说：“古代的帝王，巡视四方，亲自考察民情，访求推举隐没的人才，拯救灾患，因此能使恩泽广泛传播，远方归附，近处安宁。我才疏学浅、见识浅薄，德行不及前代圣哲，趁着接受禅让的时机，位居万民之上，日夜忧虑，想着了解百姓疾苦。才能薄弱而事务艰难，仿佛没有渡河的舟楫，早晚忧思，心系远方。可派遣大使分别前往四方，表彰贤能、推举善人，询问百姓疾苦。如果有断案不公、政令刑罚有偏差、有伤风化、扰乱治理、不能让百姓信服的情况，都要详细上报。万事都要做得恰当。传达朝廷关怀之意，宣泄百姓被阻塞的民情。”戊寅日，下诏说：“百官事务繁多而俸禄微薄，俸禄不足以维持生计。虽然国家储备还不丰厚，但务必使公私都能周济。以前各种供奉缴纳减半的，可全部恢复旧制。六军现有俸禄大致可以维持，不在此列。其余官僚中，有的原本俸禄就少，也要斟酌增加。”己卯日，将晋朝的《泰始历》改为《永初历》。
秋七月丁亥日，赦免释放因抢劫犯罪而被没入官府为奴的家属，那些被流放的家庭都允许回到本土。另外，运送造船材料以及运船，不再让各郡输送，全部委托给都水官另行酌量安排。官府所需物资，都另外派遣主管官员与百姓公平交易，即时支付钱款，不再责令缴纳租税的百姓去操办。又停用征用百姓的车和牛，不得凭借官威征用。又因市场税收繁重困苦，适当减少降低。跟随出征关中、洛阳，战死在战场，尸骨未能返回的，要抚恤赏赐他们的家人。己丑日，陈留王曹虔嗣去世。辛卯日，重新设置五校三将官，增加殿中将军名额二十人，其余的作为员外编制。戊戌日，后将军、雍州刺史赵伦之进号为安北将军；征虏将军、北徐州刺史刘怀慎进号为平北将军；征西大将军、开府仪同三司杨盛进号为车骑大将军。甲辰日，镇西将军李歆进号为征西将军，平西将军乞佛炽盘进号为安西大将军，征东将军高句丽王高琏进号为征东大将军，镇东将军百济王扶余映进号为镇东大将军。设置东宫冗从仆射、旅贲中郎将等官职。戊申日，将祖先神位迁到太庙，刘裕亲自前往供奉。壬子日，下诏说：“过去军国事务繁忙，做事有暂行的制度，对抢劫的刑罚严峻，是一时的措施。如今王道更新，政治和谐、法令简约，可以全部废除，恢复旧有的条款。反叛、淫乱、盗窃三次犯罪罚作冶铁工，原本是指一件事三次犯罪，始终不思悔改。主管官员近来大多合并数件事，合为三次，这严重违背了设立制度的本意，要重新明确说明。”
八月戊午日，西中郎将、荆州刺史宜都王刘义隆进号为镇西将军。辛酉日，颁布对逃亡叛乱者的赦免令，在限定时间内自首的，免除两年租税和布帛。原本有财产记录、户籍档案仍然留存的，允许恢复原本的户籍登记。各旧郡县中以“北”字命名的，全部去掉；在南方侨立的郡县，允许以“南”为号。又规定，对无故自残的人罚作冶铁工，这实在是因为政令刑罚繁琐苛刻，百姓难以承受，可废除这条规定。撤销青州，将其并入兖州。戊辰日，下诏说：“彭、沛、下邳三郡，是我起事的根基，我对它们情义深厚，出于情义而给予嘉奖，这是古往今来都相同的。彭城是我的故乡，更应加以尊崇，优待免除租税的制度，应与汉高祖故乡丰、沛相同。沛郡、下邳可免除三十年租税和布帛。”辛未日，追谥妃子臧氏为敬皇后。癸酉日，立王太子为皇太子。乙亥日，下诏说：“我承继天命，接受禅让，有幸享有上天之命。承蒙祖先积善的福运，借助士人民众的力量，使七庙祭祀完备，遵循美好的典范。先后恭敬地进行宣明教训，祭祀祖先的制度刚刚建立，我在情感和敬意上都没有违背。再加上太子之位确立，皇家基业更加稳固，国家的喜庆和皇室的礼仪，在短期内相继完成，这哪里只是我一人独自承受这份喜庆。现在在押的罪犯，无论罪行轻重，都可全部赦免。期限为一百天，从今日开始。先前因为军事行动征发的奴仆僮仆，各自归还原主；如果已经死亡，或者因有功劳而被赦免的，也依照期限归还相应的钱财。”
闰月壬午初一，下诏说：“晋代皇帝、皇后以及藩王的各个陵墓守卫，应当设置制度。那些前代尊崇的名贤先哲，有的树立德行、彰显气节，有的平定祸乱、庇护百姓，他们的坟墓尚在近处，都应派人洒扫。主管官员要详细列出上奏。”丁酉日，特进、左光禄大夫孔季恭加任开府仪同三司。辛丑日，下诏说：“主管官员处理文案时虽然多有咨询商议，但如果众多官员参与讨论，应当让意见明确审慎。近来有时总是说共同参详，在文字表述上过于简略。从今以后，有发表意见的人，都应当指明是谁；意见不同的，依旧接着上奏。”又下诏说：“各地派往朝廷的冬季使者，有的派遣，有的不派遣，这种事和劳役应当减省，现在可以全部停止。只有正月初一的大庆，不在此列。郡县派往州以及都督府的冬季使者，也停止派遣。”九月壬子初一，设置东宫殿中将军十人，员外二十人。壬申日，设置都官尚书。冬季十月辛卯日，改变晋代采用的王肃所定的守丧二十六个月的礼仪，依照郑玄所定的二十七个月后除丧。十二月辛巳初一，刘裕亲临延贤堂审理案件。
永初二年春季正月辛酉日，刘裕前往南郊祭祀，大赦天下。丙寅日，禁止在器物上涂饰金银。任命扬州刺史庐陵王刘义真为司徒，任命尚书仆射、镇军将军徐羡之为尚书令、扬州刺史。丙子日，南康揭阳的蛮人反叛，郡县出兵讨伐并打败了他们。己卯日，禁止在丧事上使用铜钉。撤销会稽郡府。二月己丑日，刘裕亲临延贤堂策试各州郡举荐的秀才、孝廉。扬州秀才顾练、豫州秀才殷朗的回答符合旨意，都被任命为著作佐郎。戊申日，规定中二千石官员增加公田一顷。三月乙丑日，首次限定荆州府设置将领不得超过二千人，吏员不得超过一万人；州设置将领不得超过五百人，吏员不得超过五千人。兵士不在这个限制范围内。夏季四月己卯初一，下诏说：“不合礼制的祭祀迷惑百姓、浪费钱财，这是前代典制所禁止的，可一并下令让各地拆除各类私设的庙宇。那些为先贤以及凭借功勋德行立祠的，不在此列。”戊申日，刘裕在华林园审理案件。己亥日，任命左卫将军王仲德为冀州刺史。五月己酉日，设置东宫屯骑、步兵、翊军三校尉官职。甲戌日，刘裕又前往华林园审理案件。六月壬寅日，下诏说：“杖罚虽然有旧的规定，但职务繁杂琐碎，追究责任接连不断。如果都要严格执行，那么身体难以承受；只是形式上执行，又违背了设立刑罚的本意。可以斟酌大致制定适中的标准。”刘裕又在华林园审理案件。甲辰日，规定各官署中敕令的四品以下吏员，以及府署中有权处罚的人员，允许由统管的府寺施行四十杖刑。秋季七月己巳日，发生地震。八月壬辰日，刘裕又在华林园审理案件。九月己丑日，零陵王去世。刘裕三次临朝，率领百官在朝堂举行哀悼仪式，完全依照魏明帝为山阳公服丧的旧例。太尉持符节监护葬礼，用晋朝的礼仪安葬。冬季十月丁酉日，下诏说：“兵制严峻苛重，务必使其适宜。服役的人死亡或叛逃，就拷问其旁系亲属，牵连流放的范围越来越广，看不到尽头。于是使得士大夫阶层，无辜沦陷。应当加以改革，使其宽宏平和，去除严苛的条款。从今以后，犯罪充军应该全家跟随服役的，就交付军营押解统领。那些户籍统属及只责罚本人的，不得再侵扰其亲属，以免牵连。”己亥日，任命凉州胡族首领大沮渠蒙逊为镇军大将军、开府仪同三司、凉州刺史。癸卯日，刘裕在延贤堂审理案件。任命员外散骑常侍应袭为宁州刺史。
永初三年春季正月甲辰初一，下诏无论刑罚轻重，全部赦免或减刑。壬子日，任命前冀州刺史王仲德为徐州刺史。癸丑日，任命尚书令、扬州刺史徐羡之为司空、录尚书事，扬州刺史的职位依旧保留。抚军将军、江州刺史王弘进号为卫将军、开府仪同三司，太子詹事傅亮为尚书仆射，中领军谢晦为领军将军。乙卯日，任命辅国将军毛德祖为司州刺史。乙丑日，下诏说：“古代建立国家，以教育为先，弘扬风气、训导世人，没有比这更重要的；启发蒙昧、解除困惑，都必须通过教育。所以从圣明的帝王时代，到近代，无不重视推崇学术技艺，修建学校。过去因为多有变故，战火连天，战事频繁，每日忙碌无暇。于是使得学校荒废，讲学诵读之声不闻，军队日日列阵，祭祀之礼废弛，训导劝诱的风气，几乎要消失。年轻人害怕一无所知，年老的人暗自感叹人才的缺乏。这就是《国风》中长久思念的，《小雅》中怀古的原因。如今国家政令远达，华夏大地清平，仰慕教化的人，日日期盼。应当广泛招纳贵族子弟，培养激励孩童，选拔配备儒官，振兴国学。主管官员要考察详明旧有的典制，按时施行。”二月丁丑日，下诏说：“豫州南面临近长江，北面连接黄河、洛水，百姓荒芜、境域空旷，物资转运艰难遥远，治理的方法，各有其便利之处。淮西各郡，可以设立为豫州；从淮水以东，设立为南豫州。”任命豫州刺史彭城王刘义康为南豫州刺史，征虏将军刘粹为豫州刺史。又从荆州分出十个郡重新设立湘州，任命左卫将军张邵为湘州刺史。戊寅日，将徐州的梁郡，重新归属豫州。三月，刘裕生病。太尉长沙王刘道怜、司空徐羡之、尚书仆射傅亮、领军将军谢晦、护军将军檀道济入宫侍奉医药。群臣请求向神祇祈祷，刘裕不允许，只让侍中谢方明把自己生病的事祭告祖庙。丁未日，任命司徒庐陵王刘义真为车骑将军、开府仪同三司、南豫州刺史。刘裕病愈，己未日，大赦天下。当时秦州、雍州的流民全部南迁进入梁州。庚申日，运送万匹纻绢，荆州、雍州运送粮食，委托各州刺史根据情况分配供给。辛酉日，逃亡的刁弥攻打京城，得以入城，太尉留府司马陆仲元讨伐并斩杀了他。
夏季四月乙亥日，封仇池公杨盛为武都王，平南将军杨抚进号为安南将军。丁亥日，任命车骑司马徐琰为兖州刺史。庚寅日，左光禄大夫、开府仪同三司孔季恭去世。五月，刘裕病情加重，召来太子告诫他说：“檀道济虽然有才干谋略，但没有野心，不像他兄长檀韶那样有难以驾驭的气势。徐羡之、傅亮应当不会有反叛的图谋。谢晦多次跟随出征，很懂得随机应变，如果有人怀有二心，必定是这个人。如果出现这种情况，可以把会稽、江州给他安置。”又亲手写下诏书说：“朝廷不需要再另外设置府署，宰相兼任扬州刺史，可以配备一千甲士。如果大臣中担任要职的，应当有卫士来防备不轨之人，可以从宫中现有卫队中调配。有征伐之事都要配备宫中现有的军队，出征回来后再恢复原状。后世如果有年幼的君主，朝廷事务一概委托给宰相，太后不用临朝听政。兵器既然不许带入台殿门，重要大臣可以酌情赐予班剑。”癸亥日，刘裕在西殿驾崩，享年六十岁。秋季七月己酉日，安葬在丹阳建康县蒋山的初宁陵。
刘裕清正简约、清心寡欲，为人严谨而有法度，从不关注珠玉、车马之类的装饰，后宫也没有歌女奏乐。宁州曾经进献琥珀枕，色泽十分艳丽。当时正要北伐，因为琥珀可以治疗刀伤，刘裕非常高兴，下令捣碎分给各位将领。平定关中后，得到姚兴的侄女，极为宠爱，甚至因此荒废政事。谢晦进谏后，他立刻将其送了出去。财物都放在外府，自己内宫没有私藏。宋国台署建立后，有关部门上奏在东西堂设置有曲脚的床，用银涂饰钉子，刘裕没有批准；改用直脚床，钉子用铁制。各位公主出嫁，陪送的财物不超过二十万，没有锦绣金玉。宫廷内外都遵守禁令，无不崇尚节俭。刘裕生性特别平易，常常穿着有齿的木屐，喜欢到神虎门漫步，跟随的侍从不过十多人。当时徐羡之住在西州，刘裕曾经前往徐羡之那里，便步行出西掖门；等仪仗队络绎不绝地追上来时，他已经出了西明门。儿子们早上请安，进入内室后，他就脱去官服，只穿着便裙和便帽，行家人的礼节。孝武帝大明年间，拆除了刘裕生前所住的阴室，在原地建造玉烛殿，孝武帝和群臣一同前去观看。只见床头有土制的屏障，墙上挂着葛布灯笼、麻绳拂尘。侍中袁顗极力称赞刘裕的俭朴品德。孝武帝没有回应，只是说：“一个乡下老头能这样，已经很不错了。”正因如此，刘裕才能拥有天下，成就大业。
史臣评论说：汉朝统治长达四百年，与周朝的国祚相当，即使四海动荡，百姓仍心系刘氏，天下百姓，没有改奉他人的想法。魏武帝仅仅凭借武力威服众人，所以能够轻易地改朝换代；虽然国运更改，但百姓没有忘记汉朝。等到魏室衰落，民心离散，怨恨在民间积聚。晋朝凭借宰辅的权力，趁着皇族微弱，世代把持重权，以此奠定帝王大业。至于宋高祖刘裕接受天命，道义超越了前代的典范。晋室自南迁之后，政权旁落，朝廷大权和国家命脉，都归台阁辅臣掌握。虽然君主制度尚存，但君主的威严早已丧失。桓温雄才大略，盖世无双，功勋一时无两，改朝换代的大业几近成功，天下人对新君的期望也即将改变。从那以后，晋朝国势更加昏暗，司马道子开启了祸端，司马元显酿成了最后的叛乱，桓玄顺应时运，加上父亲的基业，趁机改朝换代，众人没有异议。高祖刘裕出身比不上齐桓公、晋文公，兵力不足一旅，然而不出十天，就平定凶暴，恢复晋朝祭祀，使国家恢复旧观，对内诛杀奸佞，对外扫平贼寇，功劳震撼天下。到了改朝换代之时，百姓已经背离晋朝，这与东汉延康初年不同；刘裕的功绩在于平定祸乱，又与曹魏咸熙末年的情况不同。所以晋恭帝退位，几乎就像是卸下重担。至于众人乐于推举、百姓歌颂拥护，魏、晋只是得到了禅让的虚名，而高祖刘裕则收获了实际的权力。真是伟大啊！